前往江城的火车车厢内坐着旅居欧洲科学家蓝之冰、曾洁茹夫妇和他们15年前离国时收养的儿子蓝天。时隔多年，他们又回到了故土，蓝天已然17岁，风华正茂。
埋伏在车厢各个角落的日本杀手们对三口之家觊觎已久。正当其中一位杀意毕露时，藏匿多时的新四军小分队杀出，欲保护蓝之冰一家。双方举枪对峙，均死伤惨重。危难关头，蓝之冰向分队队长流露出参加抗战的决心，并告诫蓝天谨记国仇家恨。刺杀以失败告终，仅杀手头目夺窗而逃。
江城北城门，进城的群众一一接受排查。一番捎关打节之后，背着扁担化妆成商贩的徐林、大头总算在保安队生子的帮助下摆脱了鬼子的纠缠。但他们仍对扁担里的火腿心有余悸。
大坏、二坏为刁府的刁老财带来一姑娘，欲成一桩桃色买卖。刁老财尝鲜未果，恼羞成怒。俩人被逐出刁府后，又被小小、旱鸭子、山鸡捉走。
未几，茗月轩茶楼的宋老板小心翼翼地将两人带到茶楼上的卧室，三人以同志相称。剖开火腿，里面藏着武器。徐林被告知： 接到人后回到茶馆暂住一宿，次日出城，届时会有人暗中策应。
浩气凛然的江城洪门老大、保安队队长尹三走进茗月茶楼。此时，三位打手挟来俩坏。尹三当众命人剁下大坏手指，却又叫来江城医院的龙雪医生为其医治。
日军宪兵队长高桥在接到影佐将军的急电后，召开紧急会议。除了特务队长毛鹏、保安队副队长余得水、宪兵小队长黑藤等日伪军官，尹三也匆匆赶来。原来，蓝之冰一家将在四十五分钟后抵达江城火车站。情报显示：他们不仅破译了日军密电码，还推算出了日军使用的密码本。高桥计划即刻前往江城火车站将三人截杀。尹三认为，不值得为了区区两个文弱书生大动干戈;既然是科学家就应当留下活口;日后方能为皇军效力。
不可能的任务剧照
一时间黑云压城，徐林、大头颇感不妙，尾随日军来到车站。列车缓缓驶入站台，众人屏息。徐林开枪警示，分队队长嗅到杀机。恶战一触即发。队长牺牲前趁乱将蓝天托付给了徐林，两人逃脱。剩余的新四军却全军覆没，蓝之冰夫妇被擒。
不可能的任务第2集剧情介绍蓝天担心父母安危，一路挣扎。徐林只得将其敲晕。与此同时，江城四门落锁。狱中，面对高桥的讯问蓝之冰毫不妥协：父母即是死于日军的空袭，所以自己绝不沦为日军的走狗。而且根本没有所谓的密码本。高桥下令次日一早将蓝氏夫妻俩押上北城门。只有诱捕回蓝天，才能知悉密码本的下落。一旁的尹三若有所思。
回到家中，尹三惊讶母亲的来访。尹母将等候多时的老宋(前茶楼老板)请出。尹三埋怨老宋：若不是他及时向高桥进言，蓝氏一家三口早已没命。原来两人均是地下党员。后者因为数年前的任务遭到叛徒破坏，遂与组织失去了联系。尹母告诉老宋：多年来尹三一直在尝试曲线救国，为得只是能得到延安方面的认同，回到组织。尹三把高桥的计划托盘而出。而当务之急是保护好蓝天的同时，尽可能救出夫妻二人。
次日一早，城内一片嘈杂，虾球、麻杆儿等保安队的马仔在城内敲锣喊话：如果蓝天一时辰内不出现在城门，皇军就枪毙其父母藏在茶馆的徐林、大头听见叫喊声，不放心地看看蓝天。蓝天依然闭眼躺在床上。风情万种的江城旅馆老板娘上官玉不顾荣嫂的劝诫在冲出大门，让哑巴放起了鞭炮。此举引来了气势汹汹的日本兵。上官玉用一口流利的日语应对，称自己和高桥队长“有深交”。鬼子们只得心虚离开。随后，上官玉发现哑巴不见了，荣嫂快步去找。老宋来到茶馆，示意徐林、大头到屋外说话。蓝天睁眼，乘机逃走。
蓝之冰、曾洁茹被缚于门楼之上，高桥、尹三站在一旁。不远处围满了群众，高桥的几位幕僚亦虎视眈眈，但是听不懂蓝之冰、曾洁茹在用英语商量着什么。实际上，夫妻二人决定以死殉国，以此挽救孩子的性命。千钧一发之际，蓝之冰夫妇深情地望了儿子最后一眼，对视，点了点头，并肩跳下了城楼，毙命。众人愣住。刚巧赶到的蓝天痛不欲生，跪倒在地。哑巴关心着蓝天。几位保安队头目一点点拨开人群，距蓝天仅一步之遥，哑巴把蓝天往后一拉。及时赶到的徐林再次鸣枪，人群更加混乱，大头上前抱住挣扎的蓝天。背后出现的荣嫂拉住哑巴，顺势将蓝天一推，使徐林、大头得以架住蓝天逃走。哑巴亦被荣嫂拉走，担心的他不时望向蓝天逃走的方向。
徐林、大头拉着蓝天一路狂奔，不时与身后的鬼子对射。老宋也前来掩护。黑藤瞄准徐林，扣动扳机。徐林脚下一绊，恰好躲过子弹。蓝天却中弹倒下。众人大惊。蓝天中弹倒地，大头扛起蓝天，徐林投出最后的手榴弹，借助爆炸的烟雾拖住了余得水、黑藤等人的追捕。蓝天血滴一路，徐林紧跟着大头的步伐给蓝天包扎。日伪军追到一半发现血迹断了，只能作罢。目标跟丢，高桥拍案大怒。他命令余得水、毛鹏在排查全城所有的医院和诊所张网以待。高桥带上黑藤前往江城医院(第一集中 龙雪所在的医院)。
看见哑巴跟着荣嫂回来，上官玉总算放下了心，暗示晚上江城旅馆还有戏班的表演。三浦院长告诉连夜值班的龙雪整个江城已然大乱。龙雪出门时，高桥等人冲了进来，阻止她离开。龙雪不从，黑藤态度强硬。高桥呵斥黑藤，原来龙雪是江城一把刀，又对高桥有救命之恩。他从龙雪口中探得：如果蓝天所受的枪伤在三天之内没有得到医治，他必然会有生命危险。所以，三天之内任何医生都不能离开医院。尹三找到小小表示挖地三尺也要找到蓝天。
青石桥东下，蓝天肚子中弹，面无血色地躺在地上。徐林让大头看好蓝天，等他回来。自己去找茶楼老宋。来到茶楼，老宋不在。徐林从店小二口中探得附近有一家诊所。
尹三坐在车中若有所思，虾球匆匆赶来报告。被告知母亲心脏不适，尹三立刻驱车回到家中。见到焦急万分的老宋，尹三透露：城里所有的医院和诊所经布控，如果三人去看医生会很危险。老宋表示只有尽快通知龙雪想办法向指挥部汇报情况(此处暗示龙雪亦是地下党的一员)，并叮嘱尹三赶在高桥之前找到蓝天。
徐林找到诊所，刚想说服医生帮忙，余得水突然出现将其徐林。
