许东等人展开了行动，但他们只单单营救吕鸿儒，何琳好戏落空，倍感震惊。许东等人将吕鸿儒带出医院，与特务和宪兵队在巷道激战，最后经由地道脱离。
次日，马成峰质询叶宇飞，叶宇飞则巧妙地将共产党的身份和罗仁贤的死亡都推到了吕鸿儒身上。马斌也在吕鸿儒的办公室里搜出了起义人员证明书。马成峰和何琳无话可说，只得放过叶宇飞，全力追杀吕鸿儒。而老李已经将吕鸿儒送出了城。
丁大海再次刺蒋，但韩茂青早已设下了圈套，丁大海被抓住，送到保密局刑讯。何琳则请叶宇飞到刑讯室，由他刑讯丁大海。叶宇飞没有动手，丁大海激怒了何琳，何琳命令叶宇飞亲手将丁大海活埋。叶宇飞知道事情已经无可挽回，为丁大海点了支烟，然后动了手。何琳见叶宇飞也无迟疑，便由此作罢，由特务们动手活埋丁大海。叶宇飞头也不回地转身离去，眼泪也随之落下。
许东等人和叶宇飞为丁大海祭奠，誓报此仇。许东等人也决定加入共产党。老李将许东任命为武工队队长，叶宇飞为政委。
胡宗南登门逼宫刘文辉和邓锡侯，要他们交出兵权。刘副官迅速与老李会面，请他到刘公馆协商。叶泽宏派许东暗中保卫。同时，马成峰也派出何琳秘密监视公馆。
夜里，许东巡查之时发现了何琳，一怒之下向她开枪，两人巷战，被刘副官带人抓获。刘副官将何琳押到保密局，向马成峰讨说法。马成峰收到韩茂青指示，舍卒保帅，稳住刘邓，便命令叶宇飞对何琳执行枪决，叶宇飞朝何琳的胸口开了一枪。
绝密生涯第31集剧情介绍停尸房，何琳醒了过来。原来马成峰早已安排在执行枪决的那把枪里换上了橡皮子弹。并安排何琳避开共产党视线，潜伏下来，带领秘密组建的特别行动队，伺机而动。
刘副官向老李和叶泽宏报告，刘邓两位将军准备出城，到邓锡侯的95军阵地择机起义，请求叶泽宏的保安队和老李的武工队协助。叶泽宏和老李当即下令全力配合。而刘副官则带队在西门外佯动，吸引保密局的注意力。
刘文辉在城内几次换车，甩掉了保密局的监视，平安出城，并与邓锡侯顺利汇合。何琳带领特别行动队在城外准备截击，许东等人也早已到位，以防埋伏。双方在刘文辉车队经过时展开交战，何琳的别动队被悉数击毙，何琳逃脱。马成峰随即放出假消息，宣称刘邓被共产党歼灭，制造恐慌。何琳的别动队在城内大肆暗杀起义人员、民主人士和策反对象，并栽赃共产党。
叶泽宏和老李、叶宇飞旋即商议对策，并以揪出暗杀队为首要目标。与此同时，蒋介石对所有“政治犯人”批准了“集中处理”。
叶雅颖被拉上囚车，叶宇飞追赶而至，却无能为力，兄妹两人痛苦诀别。
叶泽宏在黄浦楼前请命，蒋介石再度避而不见。老李决定救人。叶宇飞带领武工队出动。而马成峰则在叶府和保安厅外布控。
武工队对关押叶雅颖的车队进行阻击，将车队包围，但却发现叶雅颖根本不在车里。另一边，叶泽宏接到了消息，真正的秘裁场所是在十二桥。但是一切都晚了，叶雅颖呼喊着“新中国万岁”，在枪声中倒下。
绝密生涯第32集剧情介绍何琳带着别动队围堵叶宇飞和武工队，叶宇飞等人边战边退，最终脱险，回到城中。老李与叶宇飞见面，两人对于叶雅颖的牺牲痛不欲生，其后，老李为叶宇飞出了一个主意。
次日，叶宇飞在酒馆滋事，与赵掌柜、二愣被分别羁押。马成峰分别审视，但赵掌柜和二愣只是装疯卖傻，而叶宇飞则一直醉醺醺地痛哭流涕，马成峰失望离去。
老李收到了重庆遭爆破的噩耗，对成都十分担忧，要叶宇飞针对此事展开调查。
马成峰和韩茂青劝蒋介石撤离，胡宗南向蒋介石申请成立成都防卫总司令部及疏散命令，蒋介石予以批示。成都陷入一片白色恐慌之中。而马成峰也向何琳布置了特殊爆破计划，并将大批特务交予她全权指挥。随后，马成峰针对武工队，在城内散布了蒋介石即将巡查的消息。老李与叶家父子商议，认定这是圈套，并考虑对策。
很快，胡宗南派部包围了保安厅，双方一触即发。叶宇飞和许东等人在城内寻找蒋介石车队的踪迹，但他们也很快被特务别动队盯上，双方在小巷中展开刀战，各有死伤，叶宇飞开枪引起巡逻队注意，双方撤离。
这时，蒋介石真正所在的车队，从黄埔楼出发，秘密逃跑。叶泽宏意识到，这一切的满城风雨，都是蒋介石为他逃跑而设的障眼法。老李认为，如今首要任务，是揪出潜伏下来的那只别动队。
与此同时，何琳带领着两名别动队成员化妆进了城。
