情急之中，陈安寄希望于储兰云，表示自己对其十分爱慕。储兰云自然不信。
陈安企图绕过肖鹏，直接向廖云山汇报自己的重大发现，不料费尽周折见到的仍是肖鹏。陈安考虑到肖鹏与肖昆关系特殊，以怀疑章默美为由进行遮掩，却并未瞒过肖鹏。肖鹏坦承章默美监视陈安的特殊任务。
廖云山收到密件：前线不断溃败，蒋介石调徐杰生到前线赴任。廖云山以徐杰生签署的特别通行证要挟其南下。徐杰生不但不应许，反而给予廖云山重重回击。廖云山要挟徐杰生不成，转而对肖鹏谎称徐意欲撇清罪责、陷害肖昆，并借机收买人心，表示只要肖昆愿意指证徐杰生，便可既往不咎。此举获得肖鹏的信任和感激。
肖昆告知储汉君韩光遇害，并嘱其不要过问药品被截一事。储汉君听罢找到廖云山，欲将责任揽于一身。廖云山则告诉他，肖昆已经交代了这一切都是徐杰生所为!储汉君愕然。
肖鹏劝肖昆将责任推卸在徐杰生身上，并设计离间徐、昆双方。肖昆不为所动，表示愿意独自承担后果，肖鹏万分痛心。得知肖昆的危险处境，贾程程也感到悲痛欲绝。
肖昆带贾程程见了自己的二娘——肖鹏的亲生母亲，并嘱托贾程程在自己遇害后代为照顾。贾程程讶异肖昆为何向肖鹏谎称其母已经去世。肖昆表示其间有重大隐情，须得自己遇害后，方可由二娘向众人说出……
陈安意欲利用储兰云将章默美赶走，幼稚的储兰云果然中计，莫名羞辱章默美。肖昆和贾程程鼎力宽慰章默美，陈安计划破灭。
最后的99天分集剧情介绍 第6集章默美向储汉君坦承自己真实身份，指出国共双方都在争取储汉君，而陈安正是共产党派来的奸细。章默美的话被路过的储兰云听到。储兰云急忙接通电话，辗转联系自己效力保密局的朋友……
贾程程注意到储兰云的一系列动作，拔腿冲向陈安的房间……
就在紧急关头，储汉君巧妙制止了贾程程的不理智行为，无形中化解了贾程程身份暴露的危机。贾程程隐约发觉，这个充满智慧的长者，似乎早已洞悉一切。储汉君随即嘱咐储兰云不可擅自行事，否则将会引火烧身……
肖昆批评贾程程险些暴露身份，考虑到陈安的处境和心理素质，决定立刻通过报纸向陈安发出离沪返赣的通知。
负责运输的艄公因药品被截事件遭到殃及，其间便有亲手将肖家兄弟带大的老船工顾老大。
肖鹏追忆童年往事，念及手足情深，再次找到肖昆，要他在自己起草的证据上签字，将责任推给徐杰生。肖昆断然拒绝。为了保护哥哥，肖鹏私自在证据上签上肖昆的名字。
转眼，这份证据就出现在徐杰生面前。徐杰生一方面大义凛然地面对廖云山;另一方面与肖昆断绝一切交往。肖昆几番找到徐杰生一方澄清事实，却均遭排斥。
陈安在晨报上发现了上海地下党向其发出的离沪命令，急于将情况汇报给廖云山，不料肖鹏再次出现在他面前，命令其不准撤离。
在徐杰生和储汉君的共同作用下，廖云山表示不再追究徐、昆二人，却命令肖鹏处置顾老大等人，以此考验肖鹏的忠心。
肖昆恳请肖鹏放了顾老大等人。肖鹏回忆起童年往事，念及顾老大对自己一贯呵护备至，且有救命之恩，不禁左右为难、痛苦万分。肖昆深谙肖鹏苦衷，只得不再强求。
贾程程约肖鹏喝咖啡，令其甚感惊喜。贾程程恳求肖鹏放人，字字触及肖鹏内心痛处，令其心乱如麻。肖鹏为贾程程对他的信任和理解而心动，终于提出两全计策，令贾程程大喜过望。
贾程程和肖昆一起商议救人细节，贾程程提议尽早争取肖鹏，肖昆却表示为时尚早。
