董卓上任后废除全校盟，禁止学生上课，王允为此奔走长安找寻小学同学董卓以商量求情，怎料，一人之下，万人之上的董卓却不顾过去情面对王允痛下毒手。
曹操与五虎等人听到王允校长不翼而飞的消息后无不群情激愤，誓言要为王允校长报仇。
另一方面，遭董卓背叛失去司隶校尉官职的袁绍，号召了东汉书院以外的其他 17 所高校讨伐董卓，董卓派出十万大军以及最高阶的魔应战。
终极三国第三季第8集剧情介绍董卓趁众人不备逃走，欲趁机恢复功力。却碰到早已等候多时的貂蝉，貂蝉为阻止董卓将咒语念完，同董卓一同坠崖，赶到的关羽也一同跳下。
董卓不翼而飞之后，势力瓦解，袁绍挟献帝自立为丞相，全校盟所有学校也恢复营运，大家都可以上学上课了，而正当五虎等人开心上学时，却得到噩耗，袁绍买下东汉书院的校地，曹操得在三十天内找到新校地，否则东汉书院将被废校。
终极三国第三季第9集剧情介绍马超收到一封标题为 ” 东汉书院有救了 ” 的转寄信件，根据线索众人来到卧龙岗，拜见天下第一军师诸葛亮，希望他能想出解救办法。但是却无功而返。关羽等人因为喝了诸葛亮家过期的山茶花茶，回到家后腹泻不止。
周瑜和诸葛亮第一次斗法，就自愧不如，甘拜下风。袁绍到处镇压不服从他的学校，马超父亲遇到困难，向马超求救，刘备，曹操等人纷纷出兵相助。
终极三国第三季第10集剧情介绍在刘备第三请孔明时，诸葛亮对刘备坦承自己的马杀鸡事件和 Mail 都是假的，对拯救东汉书院其实一点办法也没有。
刘备将诸葛亮带回书院，希望可以利用诸葛亮的名声，骗过袁绍。
深爱貂蝉的关羽，想起了过去与貂蝉的点点滴滴，陷入痛苦无法自拔，最后，关羽决定去柳城等待貂蝉。
另一方面，孙尚香决心要回到东汉书院，但是却遭到家人的阻拦。
终极三国第三季第11集剧情介绍周瑜企图分化刘备和曹操之间的情谊，使用美人计把刘备骗到江东，刘备到江东之后，发现受骗，周瑜告诉刘备，只要留在江东就可以天天和阿香待在一起，逍遥自在，刘备抵住诱惑，坚持要回东汉书院。
孙尚香及时出现，支持刘备回东汉书院。孙权担心让刘备回东汉是放虎归山，建议父亲要斩草除根。
终极三国第三季第12集剧情介绍刘备和孙尚香赶到河边，发现快艇被孙权调走。孙权带领仲王部队追到河边，逼迫刘备，要不与孙家结盟，要不就死在江东。
刘备突然发现仲王部队有人要谋害孙权，急忙出手相助。孙权为报答刘备的救命恩情，答应满足刘备一个要求，孙权误把“轻舟”听成“荆州”，最后只好把荆州送给刘备。
另一边，东汉书院传出了袁绍正式把东汉书院废校的消息，众人只好转移到荆州分校。
