在《三国演义》中，神医华佗共有两次出场，当关云长在襄阳之战时为魏军毒箭所中时，华佗不请自来，在观察了关羽的伤口后，他说：毒已至骨，需用刀刮骨。关羽回答：任汝医治。于是，华佗开始在血流盈盆中挖肉刮骨，悉悉有声，旁边的人看得目瞪口呆，掩面失色;而关羽却是神态自若，虽然汗流如注却依然大口喝酒大块吃肉，谈笑奕棋至华佗手术完毕，华佗也果真是手到病除。为此，关羽很高兴地送给了华佗百两黄金的“大红包”，华佗却坚决不收，于是留下了“华佗手术不收礼”的千古美谈。
曹操患头痛风疾之时，深知华佗医术不俗的曹操星夜请他入诊。华佗在了解了病情后说：病根在脑袋，需先饮麻肺汤，然后用利斧劈开头颅，取出风涎，方可除根。曹操听罢大怒，认为是华佗要加害于他，遂急令拿下，囚禁追拷，一代名医冤死狱中。杀了华佗后，曹操的病势愈重，无人能治，遂一命归西。
华佗与曹操之间却仿佛隔着一座大山。华佗的大胆提案在今天看来也的确有惊世骇俗之处，更何况疑心多多的曹操，选择对了治疗方法，但选错了治疗手段，让华佗的处境非常微妙。当然，以现代医学心理学角度分析，曹操属于偏执型人格障碍，此类人疑心重，主观性强，过分敏感，不愿信任别人。而作为医生的华佗本应循循善诱，对这样的病人加以合适的心理引导，并说明其认知上的误期，可是他却偏偏在当面前说出了曹操担心多疑的弱点并以关云长作比：“大王曾闻关公中毒箭，伤其右臂，某刮骨疗毒，关公略无惧色;今大王小可之疾，何多疑焉”?
于是，曹操对华佗妙手回春的轶事奇闻的期许一下变成了震怒，并从开始的将信将疑变成了最后的“汝必与关公情熟，乘此机会，欲报仇耳”!于是痛下杀手，自身也与治病的良机交臂而过。而华佗因为与病人无法得到良好的沟通，又拿不出令曹操信服的诊断依据和资料，也是最终酿成悲剧的缘由。
关于华佗之死，也有专家考证说其绝非是如罗贯中在《三国演义》里说的那样，是要为曹操做开颅手术而为曹操怀疑要谋害自己，终于不幸蒙难。据说，历史上华佗对自己的医生身份，一直是耿耿于怀的。史曰其：“然本作士人，以医见业，意常自悔”。医生，在史书上归入《方技传》，绝无可能单列一传，从这个上面也可窥知一二。所以，华佗时刻在寻找走上仕途的机会。
华佗的机会到来是因为魏王曹操患有头痛病，后来尤甚。华佗医术出名，曹操遂“使佗专视”，华佗成为了曹操的“御医”，华佗看了曹操的病情后表示这个病一时难以治好，需要假以时日方可。在为曹操治疗的过程中，华佗便开始故意拖延进程，并又借口“当得家书，方欲暂还耳。”乃归家。而到家以后，又假辞以妻子生病，数次逾期不归。究其本意，乃是意图要挟曹操，谋取官职。
曹操屡次手书招呼，又敕令郡县发遣，但华佗却始终我行我素，直到谎言被揭穿，下狱。
从这段考证来看，作为一个医生，把为病人治病当作一个走上仕途的手段而故意拖延并以此为要挟，华佗此举实在是有损医德，是可称为无良医生。医学和医术本身具有极强的道德属性，《论语·子路》中指出“人无恒，不可作巫医。”是说一个人如果没有恒心厚德，就不可以做医生。由此可见，如果华佗真以治病为由求取官职，也就死不足惜了！
