赵时飞南下船上，绮玉放信鸽向永琛传递消息。王爷安排在船上的细作被胡一刀发现。细作交代王爷密令后，趁机发出信号，原来细作并非只有一人，一众细作拔出刀剑，也难敌胡一刀一人。听到细作的话，枕霞等人对永琛的身份产生质疑。永琛接到绮玉的信鸽，回忆起二人两小无猜时就用信鸽传情。
永琛看着信鸽上绮玉的消息，若有所思，颦颦追问，永琛则对颦颦和宝芹说话有所保留。皇宫慎刑司中，为了打探真永琛的下落，太监总管来福奉弘皙之命冒险暴露身份询问秋影，不想却中了乾隆的埋伏，皇上将来福抓捕归案，可秋影却受尽折磨将不久于人世。南下船上，永琛向枕霞宝芹颦颦坦白身世身份。
原来永琛本是汉人，真名陈若兰，其父陈世倌在康熙朝为官，其母是乾隆的奶妈，兄弟俩从小是吃一个奶长大的。因这个特殊机缘，他与当今皇上成为了比亲兄弟还亲的兄弟。乾隆让陈若兰假冒弘皙早年失散的儿子永琛，打入理亲王府，其目的是为了查出隐在宫中理亲王的卧底，正是因为这一秘密使命，使陈若兰与正在热恋中的绮玉不得不分开，而且不能说明缘由。
大清宝典第40集剧情介绍赵时飞的官船随后在瓜州登陆，被掉了包的凤姐随着绮玉逃脱，而作为替身的女尼也跳入河中逃脱，赵时飞异常抓狂，将甄宝芹关入囚笼。假扮凤姐的女尼与绮玉等人汇合。凤姐万分感激，打算去寻吴姥姥和巧姐，与绮玉告别。这时，先前在瓜州登岸的若兰和宝芹一行已经来到赵家金陵老宅，见到了王夫人等人，安葬了赵頫和芜君。
随后，众人前往陈若兰海宁老家躲避。 夜晚，赵时飞赶到赵家金陵老宅，发现人去楼空。赵时飞将满心怒火发泄在甄宝芹身上，逼迫他交代金陵老宅的账目和财产，甄宝芹在铁蒺藜里受尽折磨，苦不堪言。陈若兰一行进入海宁地界，枕霞见过真正的公婆。按照绮玉先前的意思，宝芹、颦颦两情人住在绮玉府上的“绮玉軒”。
宝芹、颦颦终于可以在一起过上的安静日子，但甄宝芹受苦受难的情景却折磨着宝芹，他感同身受，寝食难安。颦颦懂宝芹的心，愿陪着他一起去替换正代宝芹遭难的甄宝芹。临行前，宝芹、颦颦给绮玉留下一封信，讲述了二人的心境“不做，魂魄会浑浊，去做会死，但会干净。”绮玉赶回海宁老家，看到信，悲从中来。
