荣升带着荣初去大英国大使馆办点事情，荣初在大使馆的大厅里面又遇到了杨慕次的女朋友，两个人正在斗嘴的时候有抗议英国的人往里面扔了一个汽油弹，熏得两个人灰头土脸的出来了。杨慕次的女朋友气得不行，说每次见到荣初就要倒霉，以后再也不要见到他了。荣升问他说那个女孩子是谁，荣初说自己也不认识，就是有过几面之缘。
杜旅宁带着自己的助手俞晓江到了上海，而逃走的共产国际特派员经过跋涉也辗转到了上海，他精心的改变了一下装扮。国民党侦缉处和日本间谍组织都收到了共产党地下组织人员老余要和一个共产国际派来的特使接头的消息，他们都在第一时间内赶赴到了接头的地点。
日本人去了接头的仓库和老余打了起来，随后侦缉处的人也赶到打了起来，局面顿时变得混乱不堪，老余趁着乱逃了出来，但是不幸胸口中了枪。杨慕次看到老余逃跑了之后赶紧去追他。雪狼知道老余暴露了之后干净去接应他，半路上跟杨慕次打了起来。
雪狼救走了老余之后老余告诉他说让他去荣华开的书店里面接头，雪狼把老余受伤的事情告诉了荣华，荣华听了之后担心的不行。他去找了荣初，荣初去了去了地下党的联络站里面见到了受了重伤的老余，他说现在必须要去医院，如果贸然取出子弹就会有生命危险。
荣华说如果去医院的话他们都要死，不能去医院，荣初听了之后只好在联络站里面给老于动了手术。日本在上海实验细菌的一个人逃了出来，但是死在了闸北区，死者十分的怪异，国民党当局已经介入了，一名叫夏跃春院长看了之后说只要找到荣初才能更深一步的了解，他是细菌方面的专家。
荣初取出了老余身上的子弹，他已经脱离了危险。中田樱子知道了一名实验者丢失了之后让杨羽桦找出它的下落告诉自己，杨羽桦被逼得没有办法只好答应了。荣家闹鬼的事情被下人们传的沸沸扬扬的，这是荣初的主意，为了就是想更快的找出事情的真相。
李沁红和杨慕次去见了侦缉处新到任的长官杜旅宁，杜旅宁告诉他们两个人说希望以后他们能精诚团结，一网打尽上海的中共地下党。随后杜旅宁让杨慕次画一张老余的肖像，随后印制分发给侦缉处的人进行全城大搜捕。荣初在厨房里面发现了一管口红，他心里面起了疑心。
通天密令第5集剧情介绍荣初给荣华看了那管口红，他问荣华人不认识这管口红是谁的，荣华看了之后说是自己的。中田樱子带着人正在一个贸易商行里面用化学药品销毁用来实验雷霆计划的尸体，这时候正好有搜查的人发现了他们，随后发生了枪战。杨慕次听到了枪声之后和李沁红带着人赶了过去和日本人打了起来，中田樱子冒死逃脱了没有被杨慕次给发现。
杨慕次还跟李沁红发现了那种能融化尸体和皮具的药水，中田樱子逃走的时候丢了一只鞋子，这时候医院里面的专家和杜旅宁也赶了过来。而杨慕次责备假冒成护士的人给骗到了救护车上被打昏了之后拉走了，这时候又来了一辆救护车，李沁红才反应过来杨慕次出事了。随即封锁了所有的路口开着车去追那辆救护车。
杨慕次在救护车上醒了过来之后和车厢里面的日本特工打了起来，李沁红追上了救护车之后救了杨慕次，但是中田樱子已经逃走了。杨慕次回了侦缉处之后俞晓江也十分的关心他，李沁红好像有点吃醋了。中田樱子回去之后安排了剩下的事情，她想瞒天过海赶尽杀绝，她说不久的将来上海一定就会是属于大日本天皇陛下的。
荣初去了荣华的房间告诉他说现在有人一直在威胁着四姨太，他想让荣华告诉他雷霆计划到底是什么。荣华反问荣初他有没有问过赫尔曼他们的工作到底是干什么，荣初说自己已经给自己的导师写了信，估计很快就会有答复了。随后荣初给荣华说她绝不觉得小厨房里面的气氛很诡异，肯定是人为的。
杜旅宁也听了杨慕次对这次行动的汇报工作，随后他告诉了杨慕次的说荣初对雷霆计划到底知道多少，杨慕次说荣初很可能一无所知，自己也只是知道一点皮毛。杜旅宁说赫尔曼曾经和日本人有过研究，这个荣初是赫尔曼教授的得力助手，只要盯好了荣初就会有着很大的收获，随后安排了他的工作。
四太太现在被吓得已经快发疯了，荣初也担心她的身体。荣初接到了自己的好朋友夏跃春打来的电话，夏跃春知道荣初回国之后高兴得不行。杨羽桦去侦缉处找到了杨慕次，他想劝说杨慕次离开上海，去哪里都行，杨慕次不知道是怎么回事，他说自己现在不想离开上海，也不想打理生意，他让杨羽桦给自己说出原因。
杨羽桦也十分的为难，他说现在只希望杨慕次能安安静静的定下来想清楚他这辈子到底想要做什么。荣初去书店里面给荣升借书，但是他想要的两本书都被杨慕次的女朋友雅淑给借走了，荣初去拿第三本书的时候刚好雅淑也要去拿，两个人抢书的时候没有站稳摔在了一起还无意中亲在了一起。
