阿里不哥收到开平开战的消息后十分高兴，霍赤劝他要等忽必烈退兵后再行动。漠北诸王答应忽必烈假意攻打开平，刘秉忠准备烧掉营地引阿里不哥上钩。忽必烈的三路大军成功会师，阿里不哥听海都说起忽必烈军营起火后来到墙头查看，霍赤也认为出兵时机已到。
公元1262元，忽必烈和阿里不哥两兄弟为了争夺汗位爆发了第二次战争，忽必烈率诸路大军与各路王军的军队挥师北上，与阿里不哥围绕和林城展开全面战争。对于忽必烈来说，这次的反击只能成功不容失败，如果这次无法取得胜利，他的大汗之位将岌岌可危，由于双方军队实力相当，任何一方想要取胜都必须付出惨重的代价，对阿里不哥来说，成功取得和林虽然是一个重大胜利，但是如果不能彻底消灭忽必烈他的大汗之位依然不能得到蒙古王爷们的认同，他深知只有拼死一战，赢得最后一战才能成为真正的大汗。
察比希望忽必烈能放下与阿里哥的兄弟之情的包袱，成就霸业，但忽必烈心里怎么想的，谁也不知道，而董文用还背负着为弟弟董文忠报仇并且一雪自己断臂之耻的使命。对一代谋士霍赤来说，这也许是他生命中最后一次击败刘秉忠的机会，他无时无刻不祈求长生天眷顾自己。两位谋士在战场上刀光剑影的背后，进行着一场智谋的博弈，双方军队铺天盖地在和林城外展开对决。
阿里海牙的兵马赶到，他们临阵倒戈率军冲向阿里不哥的阵地，那是忽必烈之前设的苦肉计，他们成功骗过阿里不哥和霍赤。董文用奉命率军出击，虽然断了一只胳膊，但杀敌并不含糊。阿里不哥见势不妙只好率军退入和林城内，他利用易守难攻的机会暂稳脚跟，忽必烈攻城受阻后只好率兵围城。
阿里不哥和忽必烈兵出一家，双方对战法都很了解，并熟知对方用兵之道，双方一时间僵持不下，形成对峙局面。阿里不巴指责霍赤时两人发生争吵，海都从中调解，他劝阿里不哥先不要杀害霍赤。忽必烈想到破城之计，他清楚蒙古军队的优劣，北门是仓促修建而成，忽必烈命人分四路兵马围攻和林城，他相信两小时内必定破城。
建元风云第55集剧情介绍(大结局)忽必烈没用投石机和云梯，每位士兵随身携带两个麻袋，忽必烈命人在攻城前将麻袋里装满土，至和林城的北门后麻袋扔向城墙前，麻袋接连不断地投向和林城的北门，很快一条通向城墙的道路被铺成，忽必烈率军冲向城头，和林守军弃城墙而逃，忽必烈大军乘胜追击。
董文用在城中发现海都身影后冲了过去，海都见大军已到骑马逃窜，董文用用脚拉弓将箭射向海都后背，海都带伤逃走。霍赤见大军进城后十分惊慌，他在乱军之中变成疯子，阿里不哥骑马想逃走时被察比率军拦住，他以死相挟之时忽必烈放他一条生路，阿里不哥独自骑马逃走，察比最终理解了他的做法。
阿里不哥按蒙古习俗背负门帘来到汗宫，他要接受诸王审判，阿里不哥坚持认为以前他做的对，但承认现在是忽必烈做的对，忽必烈将阿里不哥从黄金家族除名后让他离开，阿里不哥得到自由之身。海都虽然保命，但受董文用穿胸之苦每日饱受病痛折磨，终生不敢返回和林，直至在边境终老，至此蒙古基本上完成统一。
忽必烈对阿里不哥难以释怀，阿里不哥的死因传闻很多，有人曾在和林集市见他唱过王者之歌，还有人传言他被囚禁后死于牢中。1260年，忽必烈登上汗位，建军元中统，明确新政权，中原正统的地位，并且开始系统的学习前代中原王朝的治国经验，1271年定国号为大元，1272年中都新成建立，定名大都，1276年元朝统一全国，1294年，忽必烈病逝，在位35年，庙号世族，他是中国历史上第一位统一全国的少数民族皇帝。(全剧终)
