世博会上一幅精美绣品《瑞鹤图》，引出了清末民初绣娘兰馨的悲喜人生。
清朝末年，光绪帝被西太后处处钳制，变法不得推行，选后舍弃最爱，堂堂皇帝成了受制于人人的傀儡。时任御绣房催领的辜家大孙女纯园，绣艺深得西太后欢心，却得罪了内务府总管厉公公，出宫省亲之事化为泡影。
江南绣庄，三年一度的绣娘御选在即，辜樊两家绣庄暗中较劲。三代单传的辜家独孙传铭无心学绣，下河村沈家女儿兰馨却对绣痴迷，为学绣甘愿受罚入辜家做绣工。传铭兰馨两小无猜一见倾心，让同样爱慕着传铭的樊家女儿绿珠心生嫉妒。
深宫绣娘第2集剧情介绍西太后着令厉公公即日赴江南开始选绣。
落魄的辜家二小姐辜含香携丈夫丁茂祥、女儿潇潇投奔辜家。厉公公率领护营兵下江南选绣，辜家对潇潇竞选绣女寄予厚望，潇潇却对绣并不精通。辜樊两家的绣艺比拼演变成了潇潇和绿珠的竞争。
宫中，护营兵裴子东、钱串儿是铁哥们，可偏偏钱串儿的心上人绣女素素却对裴子东有意。
辜家儿子辜松圃当年为了《瑞鹤图》的传承，将亲生女儿与下河村豆腐沈家
之子调包，如今在妻子戴莲云面前讳若莫深。然，戴莲云凭一粒朱砂痣惊觉兰馨就是自己的亲生女儿。
传铭与兰馨情窦初开，兰馨却为母治病无奈出卖绣品，绿珠从中作梗，让辜老太爷误认为兰馨破坏了辜家“绣品不得外流”的规矩，将她赶出绣坊。
深宫绣娘第3集剧情介绍甄选绣品在即，潇潇自知交不出绣品，欲悬梁自尽，被传铭救下。樊逸泰在绿珠绣的《牡丹图》上略施小技，博得众人喝彩，以为胜局已定的樊家父女，没想到半路杀出了程咬金，兰馨代潇潇绣的《柳塘呼犊图》击败樊家绿珠的《牡丹图》，夺得第一，潇潇、绿珠双双被选作御绣女。
觊觎辜家绣庄地位多年的樊逸泰不服比赛结果，从中作梗让辜家代绣之事在厉公公面前败露，更施计让贪婪的厉公公借太后之名巧取豪夺辜家《瑞鹤图》。辜松圃等为保辜家绣庄名誉只得舍图。辜家老太爷辜仙芝被活活气死。兰馨顶替潇潇进宫，与传铭分别。辜松圃始知当年调包的亲生女儿正是兰馨。
深宫绣娘第4集剧情介绍进京途中的船上，兰馨和裴子东不打不相识。在厉公公面前，绿珠曲意奉承认了干爹，耿直的兰馨却处处顶撞。
船开到天津码头，厉公公受官员贿赂，安排绣女陪酒，知府对兰馨动手动脚，兰馨不从，被厉公公掌嘴，后又被关禁闭不给饭吃，裴子东送饭却被绿珠发现，厉公公让兰馨说出送饭之人，兰馨不应，被其手下吊在船头动用死刑，裴子东又冲上去保护兰馨，护军营统领也为兰馨说话，厉公公不想把事情闹大，方才息事宁人。
深宫绣娘第5集剧情介绍厉公公带众绣女回到宫中，又借花献佛把《瑞鹤图》献给了西太后，讨得欢心。身体还未恢复的兰馨处处被绿珠暗算，又被纯园误会，幸好和素素成为好友。
绿珠指使绣女依依抢了兰馨绣座，兰馨与其争执，两人都被纯园处罚磨针，兰馨却在过程中悟出了纯园的苦心。她和纯园的误会也解开了。
公使女儿嘉龄格格带洋人朋友贝世宁进宫，太后赠格格行走金牌，贝世宁向钱串儿、裴子东学中国功夫，钱串儿乐得收点学费。
钱串儿送素素香粉，不知素素心上人是裴子东;裴子东赠兰馨绢兰，亦不晓兰馨心中只有传铭。素素兰馨互换了礼物。
西太后的大寿来临，珍妃为选不到合适的贺礼忧心。
